PLATFORM MOLECULAIRE DIAGNOSTIEK UZ GENT (MDG)

Voor het onderzoek naar specifieke somatische defecten in het DNA en RNA van maligne weefsel, bloed of beenmerg van kankerpatiënten bestaat een samenwerking tussen drie laboratoria van het UZ Gent (Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent, Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent en Centrum voor Medische Genetica Gent) onder het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG). Het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) bundelt de expertise van de drie laboratoria: de testen worden aangevraagd via de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent of via het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent, de laboratoriumtesten worden in het Centrum Medische Genetica Gent uitgevoerd.

Het platform MDG heeft als kernactiviteit het opsporen van verworven defecten in DNA en RNA van de maligne weefsels, bloed of beenmerg van patiënten met kanker. Met de detectie van specifieke somatische defecten in de tumoren wordt als het ware een genetische vingerafdruk van de tumor bepaald. Hiermee kan de patiënt beter gediagnosticeerd worden, kan een prognose opgemaakt worden en/of kan een doelgroep van kankerpatiënten geïdentificeerd worden die voor gerichte geneesmiddelen in aanmerking komen. De gerichte geneesmiddelen zijn een doorbraak in de oncologie: voor patiënten die tot de doelgroep behoren is de respons op de behandeling groter dan de respons op een behandeling met niet-selectieve chemotherapie. Voorbeelden van het klinisch gebruik zijn ondermeer imatinib (Glivec) in gastro-intestinale stromale tumoren (GIST), cetuximab (Erbitux) en panitumumab (Vectibix) in wild-type RAS metastatisch colorectaal carcinoom, en vemurafenib (Zelboraf) in het BRAF-gemuteerd melanoom.

Het DNA NGS SOLIDE TUMOR panel en het DNA NGS HEMATO panel zijn geaccrediteerde (*) NGS testen, de techniek is een DNA-, capture-gebaseerde massieve parallelle sequencing.

Met het DNA NGS SOLIDE TUMOR panel worden single nucleotide varianten (SNVs) en indels opgespoord in 112 genen in stalen van solide tumoren en sarcomen. Het DNA NGS HEMATO panel detecteert SNVs en indels in 116 genen in stalen van hemato-oncologische aandoeningen waaronder acute myeloïde leukemie (AML) en myelodysplastische syndromen (MDS), myeloproliferatieve aandoeningen (MPN) en chronische lymfoïde leukemie (CLL). De MDG-MPN1-mini test (3 genen) is een DNA gebaseerde test die SNVs en indels detecteert in MPN stalen via PCR-gebaseerde massieve parallelle sequencing. Voor glioblastomen wordt een test in routine uitgevoerd voor de analyse van de methylatie van de promoter van het MGMT gen.

Voor detectie van fusies en splice varianten is er een geaccrediteerde (*) RNA NGS tes, dit is een amplicon-gebaseerde massieve parallelle sequencing flow met 4 verschillende G panels (SOLIDE TUMOR, SARCOOM, ALL en HEME).

Het RNA NGS SOLIDE TUMOR panel omvat 26 genen voor detectie van fusies en splice varianten in solide tumoren. Het RNA NGS SARCOOM panel omvat 55 genen voor detectie van fusies en splice varianten in sarcomen. Het RNA NGS ALL panel omvat 64 genen voor detectie van fusies en splice varianten in acute lymfoïde leukemie (ALL). Het RNA NGS HEME panel omvat 87 genen voor detectie van fusies en splice varianten in acute myeloïde leukemie (AML).

(*) Universiteit Gent, Universitair Ziekenhuis Gent, Centrum Medische Genetica is geaccrediteerd door BELAC onder certificaatnummer 351-MED (testen op solide tumoren en sarcoom) en Universiteit Gent, Universitair Ziekenhuis Gent, Laboratorium Klinische Biologie is geaccrediteerd door BELAC onder certificaatnummer 087-MED (testen voor hemato-oncologische aandoeningen).

(1) Voor het onderzoek naar somatische mutaties in vaste tumoren en sarcomen stuurt u het tumorweefsel in FFPE naar de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent. Op deze dienst worden de FFPE-coupes gesneden en wordt het tumorpercentage bepaald.

Daarbij gebruikt u het aanvraagformulier van de Dienst Pathologische Anatomie: https://www.uzgent.be/pathologische-onderzoeken-aa... --> kies voor Aanvraagformulier moleculair pathologisch onderzoek De richtlijnen zijn op de website van de Dienst Pathologische Anatomie te vinden. In uitzonderlijke gevallen kan ook vers of ingevroren tumorweefsel opgestuurd worden naar Centrum Medische Genetica. Staal instructies en aanvraagformulier via verworven genetische afwijkingen (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/la...).

(2) Voor het onderzoek naar somatische mutaties in bloed of beenmerg bij patiënten met een hemato-oncologische aandoening stuurt u het bloed of beenmerg van de patiënt naar het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent, samen met een correct ingevuld aanvraagformulier, te vinden op https://labgids.uzgent.be/ --> Kies 'Aanvraagformulieren', kies 'Aanvraagformulier bijzondere hematologie – cytomorfologie | immunofenotypering | moleculaire analyses’. Daar zijn ook de richtlijnen, de achtergrondinformatie (informatie over de onderzochte genen) te vinden.

De DNA-/RNA-isolatie en de rapportering van de testresultaten gebeurt door het Laboratorium Klinische Biologie van het UZ Gent.

Verder kunnen samenwerkingen in klinische studies opgezet worden met MDG.