Platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG)

Het platform MDG heeft als kernactiviteit het opsporen van specifieke somatische defecten in het DNA en RNA van de maligne weefsels, bloed of beenmerg van patiënten met kanker.
De testen worden aangevraagd via de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent (vaste tumoren) of via het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent (hemato-oncologie). De laboratoriumtesten worden in het Centrum Medische Genetica Gent uitgevoerd.
Raadpleeg de Richtlijnen voor de aanvragen en Staalinstructies.

Geaccrediteerde MDG-testen in routine (ISO 15189:2012):

SOLIDE TUMOREN:

• DNA NGS SOLIDE TUMOR panel: detectie van SNVs en indels in 112 genen: AKT1, ALK, APC, AR, ARID1A, ATM, BAP1, BARD1, BCOR, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CCND1, CCNE1, CDH1, CDK4, CDK6, CDK12, CDKN2A, CDKN2B, CHEK1, CHEK2, CTNNB1, DDX3X, DGCR8, DICER1, DPYD, DROSHA, EGFR, EIF1AX, ELP1, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FOXL2, FRK, GATA3, GNA11, GNAQ, GNAS, GPR161, H3-3A, H3-3B, H3C2, H3C3, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, IL6ST, JAK1, JAK2, KBTBD4, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MDM2, MET, MRE11, MTAP, MYC, MYCN, MYOD1, NBN, NF1, NF2, NOTCH1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PALB2, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3R1, POLE, PRKCA, PTCH1, PTEN, PTPN11, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RB1, RET, RNF43, ROS1, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SF3B1, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, SPOP, STAT3, STK11, SUFU, TERT, TP53, VHL met behulp van de KAPA HyperCap technologie (Roche).

De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u hier raadplegen. De kwaliteit van het DNA staal geëxtraheerd uit tumormateriaal wordt nagekeken m.b.v. een DNA kwaliteitstest. Een capture-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 112 genen gevolgd door sequencing met de Illumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. een in-huis bcbio workflow. De sequencing reads worden gealigneerd met een referentiesequentie (hg38). Voor vrijgave van de NGS resultaten wordt gestreefd naar een minimale coverage van 300x voor de regio’s van interesse. Alle 112 genen worden bekeken bij de tumorstalen. Enkel de pathogene varianten, de vermoedelijk pathogene varianten en de varianten van ongekende significantie (VUS) worden gerapporteerd (Richards et al. Genet Med 2015).De limiet voor het detecteren van een variant is 5%. Uitzondering zijn gekende hotspot varianten die ook gerapporteerd worden wanneer de allelfrequentie van de variant (VAF) tussen 2 - 5% is en de coverage > 300x is en de variant aanwezig is in > 10 reads. Op basis van deze test kan men geen onderscheid maken tussen een verworven en een aangeboren variant.

Bijkomend laat dit panel toe om MSI analyse uit te voeren op basis van 17 microsatelliet regio’s: BAT25, BCL2L11, BTBD7, D18S55, EML4, GRIN2A, GTF2IP1, KDM6A, KIF5B, MRE11A, NR21, NR24, NR27, PIP5K1A, RYR3, SMARCB1, TGFBR2 doormiddel van het mSINGS script (Salipante et al. Clinical Chemistry 2014). Deze analyse heeft een sensitiviteit van 74% en een specificiteit van 100%. De limiet voor het detecteren van microsatelliet instabiliteit is 30% tumorcellen.

• RNA NGS SOLIDE TUMOR panel: detectie van fusies en splicevarianten in 26 genen: ALK, BRAF, EGFR, ERG, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KRAS, MET, MYB, MYBL1, MYC, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PPARG, PRKCA, RAF1, RELA, RET, ROS1, RSPO2, RSPO3, TMPRSS2, YAP1 met behulp van de Archer FusionPlex technologie. De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u hier raadplegen. De kwaliteit van het RNA geëxtraheerd uit tumorweefsel wordt nagekeken m.b.v. een RNA kwaliteitstest. Een amplicon-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 26 genen gevolgd door sequencing met de Illumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. Archer Analysis Software. De sequencing reads worden gealigneerd met een referentiesequentie (hg19) met behulp van de Archer Analysis Software module. Voor vrijgave van de resultaten wordt gestreefd naar minimum 10 unieke reads, > 1% percentage van de reads en minimum 5 unieke start sites voor de fusies/splice varianten en minimum 0.6M totale reads per staal.

• RNA NGS SARCOOM panel: detectie van fusies en splicevarianten in 55 genen: ALK, BCOR, BRAF, CAMTA1, CIC, CSF1, CTNNB1, EGFR, EPC1, ERG, ESR1, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOS, FOSB, FOXO1, FUS, GLI1, HMGA2, JAZF1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, MYOD1, NCOA1, NCOA2, NR4A3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PAX3, PDGFB, PHF1, PLAG1, PRKCA, PRKCB, PRKCD, RAF1, RET, ROS1, SS18, STAT6, TAF15, TCF12, TFE3, TFG, USP6, VGLL2, YAP1, YWHAE met behulp van de Archer FusionPlex technologie. De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u hier raadplegen. De kwaliteit van het RNA staal geëxtraheerd uit tumorweefsel wordt nagekeken m.b.v. een RNA kwaliteitstest. Een amplicon-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 55 genen gevolgd door sequencing met de Illumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. Archer Analysis Software. De sequencing reads worden gealigneerd met een referentiesequentie (hg19) met behulp van de Archer Analysis Software module. Voor vrijgave van de resultaten wordt gestreefd naar minimum 10 unieke reads, > 1% percentage van de reads en minimum 5 unieke start sites voor de fusies/splice varianten en minimum 1.8M totale reads per staal.

• MDG-MGMT test: detectie van MGMT promotermethylatie in glioblastoom.

Voor het onderzoek naar somatische mutaties in vaste tumoren stuurt u het tumorweefsel in FFPE naar de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent, met gebruik van het aanvraagformulier van die dienst.

Zie de laboratoriumgids van de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent. In uitzonderlijke gevallen kan ook vers of ingevroren tumorweefsel opgestuurd worden naar Centrum Medische Genetica. Staal instructies en aanvraagformulier via verworven genetische afwijkingen (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/verwo...)

HEMATOLOGISCHE AANDOENINGEN:

• DNA NGS HEMATO panel: detectie van SNVs en indels in 116 genen: ANKRD26, ARID1A, ASXL1, ATM, B2M, BCL2, BCOR, BCORL1, BIRC3, BRAF, BTG1, BTK, CALR, CARD11, CBL, CBLB, CCL22, CCND1, CCND3, CD28, CD33, CD58, CD79A, CD79B, CDKN2A, CEBPA, CREBBP, CSF3R, CUX1, CXCR4, DDX3X, DDX41, DIS3, DNMT3A, EGR2, EP300, ETNK1, ETV6, EZH2, FAS, FBXW7, FLT3, FOXO1, FYN, GATA1, GATA2, GNA13, GNB1, HAVCR2, HRAS, ID3, IDH1, IDH2, IL7R, IRF4, JAK1, JAK2, JAK3, KIT, KLF2, KMT2A, KMT2D, KRAS, MAP2K1, MEF2B, MPL, MYC, MYD88, NF1, NFE2, NFKBIE, NOTCH1, NOTCH2, NPM1, NRAS, NSD2, NUDT15, PHF6, PIK3CA, PIM1, PLCG1, PLCG2, POT1, PPM1D, PRKCB, PRPF8, PTEN, PTPN11, RAD21, RHOA, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SGK1, SH2B3, SMC1A, SMC3, SOCS1, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT5B, STAT6, TCF3, TET2, TNFAIP3, TNFRSF14, TP53, TPMT, TRAF2, U2AF1, UBA1, UBTF, WT1, XPO1, ZRSR2 met behulp van de KAPA HyperCap technologie (Roche). De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u raadplegen in de laboratoriumgids van de Klinische Biologie https://labgids.uzgent.be/. Een capture-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 116 genen gevolgd door sequencing met de Illumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. een in-huis bcbio workflow. De sequencing reads worden gealigneerd met een referentiesequentie (hg38). Voor vrijgave van de NGS resultaten wordt gestreefd naar een minimale coverage van 300x voor de regio’s van interesse. Alle 116 genen worden bekeken bij de hemato-onco stalen. Enkel de pathogene varianten, de vermoedelijk pathogene varianten en de varianten van ongekende significantie (VUS) worden gerapporteerd (Richards et al. Genet Med 2015). De limiet voor het detecteren van een variant is 5%. Uitzondering zijn gekende hotspot varianten die ook gerapporteerd worden tussen wanneer de allelfrequentie van de variant (VAF) tussen 2 - 5% is en de coverage > 300x is en de variant aanwezig is in > 10 reads. Op basis van deze test kan men geen onderscheid maken tussen een verworven en een aangeboren variant.

• MDG-MPN1-mini test: detectie van SNVs en indels in CALR, JAK2 en MPL in MPN. Een in-huis PCR-gebaseerde NGS aanrijking wordt gebruikt gevolgd door sequencing met de Illumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd mbv een in-huis bcbio workflow. De sequencing reads worden gealigneerd met een referentiesequentie (hg38). Voor vrijgave van de NGS resultaten wordt gestreefd naar een minimale coverage van 300x voor de regio’s van interesse. Enkel de pathogene varianten, de vermoedelijk pathogene varianten en de varianten van ongekende significantie (VUS) worden gerapporteerd (Richards et al. Genet Med 2015). De limiet voor het detecteren van een variant is 5%. Uitzondering zijn gekende hotspot varianten die ook gerapporteerd worden wanneer de allelfrequentie van de variant (VAF) tussen 2 - 5% is en de coverage > 300x is en de variant aanwezig is in > 10 reads. Op basis van deze test kan men geen onderscheid maken tussen een verworven en een aangeboren variant.

• RNA NGS ALL panel: detectie van fusies en splicevarianten in 64 genen: ABL1, ABL2, BCL11B, BCL2, BCL6, BCR, BRAF, CHD1, CREBBP, CRLF2, CSF1R, DNM2, EBF1, EPOR, ETV6, EZH2, FBXW7, FGFR1, FLT3, IDH1, IDH2, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL7R, JAK1, JAK2, JAK3, KDM6A, KLF2, KMT2A (MLL), KRAS, MLLT4, MPL, MYC, NF1, NOTCH1, NRAS, NT5C2, NTRK3, NUP214, NUP98, P2RY8, PAG1, PAX5, PBX1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PICALM, PTK2B, PTPN11, RUNX1, SEMA6A, SETD2, SH2B3, STAT3, STAT5B, STIL, TAL1, TCF3, TYK2, WT1, ZCCHC7 met behulp van de Archer FusionPlex technologie. De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u raadplegen in de laboratoriumgids van de Klinische Biologie https://labgids.uzgent.be/. Een amplicon-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 64 genen gevolgd door sequencing met de Illumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. Archer Analysis Software. De sequencing reads worden gealigneerd met een referentiesequentie (hg19) met behulp van de Archer Analysis Software module.

• RNA NGS HEME panel: detectie van fusies en splicevarianten in 87 genen: ABL1, ABL2, ALK, BCL11B, BCL2, BCL3, BCL6, BCR, BIRC3, CBFB, CCND1, CCND2, CCND3, CD274, CDK6, CDKN2A, CEBPA, CEBPD, CEBPE, CEBPG, CHD1, CHIC2, CIITA, CREBBP, CRLF2, CSF1R, CTLA4, DEK, DUSP22, EBF1, EIF4A1, EPOR, ERG, ETV6, FGFR1, FOXP1, GLIS2, ID4, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IRF4, IRF8, JAK2, KAT6A, KLF2, KMT2A, MALT1, MECOM, MKL1, MLF1, MLLT10, MLLT4, MUC1, MYC, MYH11, NF1, NFKB2, NOTCH1, NTRK3, NUP214, NUP98, P2RY8, PAG1, PAX5, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PICALM, PML, PRDM16, PTK2B, RARA, RBM15, ROS1, RUNX1, RUNX1T1, SEMA6A, SETD2, STIL, TAL1, TCF3, TFG, TP63, TYK2, ZCCHC7 met behulp van de Archer FusionPlex technologie. De specificaties van de onderzochte regio's en de referentiesequenties van de genen kan u raadplegen in de laboratoriumgids van de Klinische Biologie https://labgids.uzgent.be/. Een amplicon-gebaseerde NGS technologie wordt gebruikt voor aanrijking van de regio's van interesse van de 87 genen gevolgd door sequencing met de Illumina technologie. Data-analyse wordt uitgevoerd m.b.v. Archer Analysis Software. De sequencing reads worden gealigneerd met een referentiesequentie (hg19) met behulp van de Archer Analysis Software module.

Voor het aanvragen van een 'MDG-test' voor een patiënt met een hemato-oncologische aandoening stuurt u het bloed of beenmerg naar het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent, met gebruik van het aanvraagformulier van die dienst. Zie de Laboratoriumgids van het Laboratorium Klinische Biologie UZ Gent: https://labgids.uzgent.be/ (kies Aanvraagformulieren - Aanvraagformulier bijzondere hematologie - cytomorfologie | immunofenotypering | moleculaire analyses).

MDG-testen in ontwikkeling:

- ctDNA NGS SOLIDE TUMOR panel op liquid biopsies van solide tumorpatiënten

- methylatieprofilering van solide tumorstalen

- comprehensive genomic profiling (CGP) m.b.v. TSO500 kit Illumina in het kader van de BALLETT studie