Constitutioneel - DNA

Perifeer bloed (E op aanvraagformulier) voor DNA-test

• Aard van materiaal: ongestold bloed, met EDTA als anticoagulans
• Hoeveelheid: EDTA bloed (2 x 5ml) of minimum 5 microgram hoogmoleculair DNA met een concentratie van minstens 25ng/µl. Voor kinderen volstaat 2-5ml EDTA bloed.
• Hoe afnemen: instructies afname bloed en beenmerg voor genetische testen
• Hoe bewaren: op kamertemperatuur , afgeschermd van fel zonlicht
• Levering aan het laboratorium: binnen de 72 uur na de afname, afleveren vóór 17 uur (op vrijdag vóór 14 uur)

Vers perifeer bloed (E! op aanvraagformulier)

• Aard van materiaal: ongestold bloed, met EDTA als anticoagulans
• Hoeveelheid: >= 5 ml (voor neonaten is 1 ml aanvaardbaar)
• Hoe afnemen: instructies afname bloed en beenmerg voor genetische testen
• Hoe bewaren: na afname op kamertemperatuur (niet in koelkast en niet invriezen)
• Levering aan het laboratorium: binnen de 48 uur na de afname, afleveren vóór 17 uur (op vrijdag vóór 14 uur)
• Opmerkingen:
  • vers bloed is nodig voor RNA-gebaseerde testen; voor DNA-gebaseerde testen zijn de voorwaarden voor het bloed minder strikt (zie hoger voorwaarden voor 'Perifeer bloed voor DNA-test')
  • indien het bloed meer dan 48 uur na afname in het CMGG arriveert is het niet meer geschikt voor RNA-isolatie en hierdoor kan de analyse niet uitgevoerd worden.

Wangborsteltje (B op aanvraagformulier)

• Aard van materiaal: wangborstels of swab
• Hoeveelheid: steeds twee stalen afnemen
• Hoe afnemen: instructies afname wangcellen voor genetische testen
• Hoe bewaren: op kamertemperatuur of in koelkast, NIET in plastiek zak!
• Levering aan het laboratorium: binnen de 72 uur na de afname, afleveren vóór 17 uur (op vrijdag vóór 14 uur)

Opmerkingen:
Voor een beperkt aantal genetische testen worden wangborsteltjes aanvaard.
Een door een arts ingevuld en gehandtekend aanvraagformulier is absoluut noodzakelijk, ook als de patiënt in afwezigheid van een arts het staal thuis afneemt.

Formaline-gefixeerd in paraffine ingebed tumorweefsel voor MSI-analyse, analyse methylatie promotor MLH1-gen en tBRCA-test (T op aanvraagformulier)

• Aard van materiaal: formaline-gefixeerd tumorweefsel ingebed in paraffine (FFPE-weefsel)
  • In de vorm van een paraffineblok: Selecteer het blokje met het grootste volume aan tumorweefsel en met in dat weefsel een zo groot mogelijk percentage aan tumorcellen (min. 20%). De blokjes worden teruggestuurd na het afronden van de analyse.
  • Op draagglaasjes: bezorg ons 10 µm coupes, opeenvolgend gesneden, op draagglaasjes: één van de coupes H&E gekleurd, en minimum 4 ongekleurde coupes. De H&E gekleurde coupe dient als guide slide, hierop wordt duidelijk de tumorzone gemarkeerd, dat is de regio met het grootste percentage tumorcellen, en het geschatte percentage tumorcellen wordt vermeld. De afgebakende tumorzone dient een minimale oppervlakte van 25 mm² te hebben en dient minstens voor 20% uit tumorcellen te bestaan.
• Hoeveelheid: één paraffineblok of min. 5 draagglaasjes met opeenvolgende coupes (één H&E gekleurd en 4 ongekleurd)
• Hoe bewaren: kamertemperatuur
• Levering aan het laboratorium: geen speciale voorzorgen nodig, kan per reguliere post, afleveren vóór 17 uur

Richtlijnen voor de afname en de fixatie van biopsies of resecties voor DNA-onderzoek

De wijze waarop het weefsel werd gefixeerd kan de integriteit van het DNA beïnvloeden. Een test die met een PCR-amplificatie start, kan mislukken door verregaande fragmentatie van het DNA bij gebruik van niet gebufferde formaline. Weefsel dat gefixeerd werd met Bouin's fixatief is niet geschikt voor DNA- en RNA-testen omdat het picrinezuur schadelijk is voor DNA en RNA.
Fouten die in het DNA ontstaan tijdens het fixatieproces zoals deaminatie van cytosine of methyl-cytosine tot uracil resp. thymine, kunnen resulteren in artefacten in de bepalingen van de DNA-sequentie (bv. testen gebaseerd op next generation sequencing, NGS).
Om dit soort fouten te vermijden, is het van belang dat voor de fixatie verse, gebufferde formaline en een gemiddelde duur van fixatie wordt gebruikt, zie ook de Asco-richtlijnen van 2013 (Wolff et al. J. Clin. Oncol. 2013; 31: 3997-4013): de tijd tussen de afname van het weefsel en de fixatie moet zo kort mogelijk zijn, 10% neutraal gebufferde formaline moet gebruikt worden en de fixatieduur moet tussen 6u en 72u liggen.
Zie ook de laboratoriumgids van de Dienst Pathologische Anatomie UZ Gent.

DNA

Bij voorkeur ontvangen we een EDTA-bloedstaal. Indien u van de patiënt DNA beschikbaar heeft, zijn volgende condities geschikt voor zowat elke moleculair-genetische test:

• Aard van materiaal: genomisch DNA geïsoleerd uit biologisch weefsel
• Hoeveelheid: 50-100 µg DNA; OD 260/280: ca. 1,80
• Hoe bewaren: bij voorkeur in de koelkast (2 - 8°C) of diepvries (- 20°C), transport kan bij kamertemperatuur
• Levering aan het laboratorium: geen speciale voorzorgen nodig, kan per reguliere post, afleveren vóór 17 uur
• Opmerkingen:
  • vermeld de zuiveringsmethode en de concentratie

Fibroblasten voor biochemisch onderzoek bij bindweefselziekten (F op aanvraagformulier)

• Aard van materiaal: gekweekte confluente fibroblasten
• Hoeveelheid: 2 cultuurflessen T25 of T80
• Hoe bewaren: bij kamertemperatuur; volledig gevulde fles om uitdroging van de cellen te vermijden
• Bewaartijd: binnen de 72 uur na afname - in het labo, dit vóór 17 uur (Transport mag bij kamertemperatuur)
• Opmerkingen:
  • verwittig het laboratorium via secretariaat CMGG +32 9 332 2477
  • indien streptomycine of penicilline werd toegevoegd steeds vermelden!

Huidbiopt voor biochemisch onderzoek bij bindweefselziekten (F op aanvraagformulier)

• Aard van materiaal: steriel afgenomen huidbiopt
• Verwerking: biopt onmiddellijk in een steriele recipiënt met steriel kweekmedium of (indien dit niet voorhanden is) steriele fysiologische oplossing (geen formol !)
• Hoe bewaren: bewaar het weefsel in de koelkast (2 - 8°C)
• Bewaartijd: binnen de 72 uur na afname - in het labo, dit vóór 17 uur (op vrijdag vóór 14 uur) (Transport mag bij kamertemperatuur)
• Opmerkingen:
  • verwittig het laboratorium via secretariaat CMGG +32 9 332 2477